世上不存在忍者——这是普遍的想法。就算真的存在忍者，他们也不会出现在我们面前。所以，忍者在“表面上”是不存在的。主人公樱羽一时是个和我们一样不认为存在什么忍者的普通男生。他本应有一个普通的，幸福而光辉的人生。但是某一天，他却遇到了想杀死他的人，而且还听说这是甲贺忍者的所作所为。为何一时会被人盯上？因为他是历史悠久的伊贺忍者第19代正统继承人。伊贺和甲贺常年对立，甲贺想要侵略伊贺。一时想要活下去，就只能自己成为忍者。从此，一时投身于不为人所知的忍者世界。为了成为一个合格的忍者而学习、战斗、直面苦难。但这些，

故事发生在《甲贺忍法帖》10年后的宽永三年。为天下之权斗争的历史背后、忍者集团甲贺与伊贺为了自己所效力的主人展开了一连串忍法杀戮战争，并在最终迎来了双方全灭的结局──这场斗争结束十年之后，宽永三年，甲贺五宝连所管束、拥有茅眼术操纵能力的少年「甲贺五郎」，与伊贺五花撰中能使用盾眼术的少女「伊贺响」终于相遇，他们以操纵超人之力、号称成寻众的神秘集团为目标，被卷入了一场意想不到的战争之中。